郭京毅案曾经轰动全国，百事可乐身陷其中。“郭京毅案”判决书显示，2005年底，浙江商务厅在百事可乐未报送建厂规划的情况下，批准百事可乐在杭州建厂。百事在杭州建厂势必影响上海百事的经营，引起上海百事总经理陈秋芳的不满。陈秋芳打算就此事向商务部投诉。

投诉前陈秋芳找到了担任商务部条约法律司副司长郭京毅，向郭了解情况并把投诉理由和观点告诉郭，郭告诉陈秋芳把相关的投诉文件准备好，陈秋芳将投诉文件报到了商务部，由外资司承办，外资司按照要求进行了调查，提出撤销杭州百事的批准书。

判决书显示，文件会签到条法司，郭认为贸然撤销欠妥，要求百事可乐上报在华发展规划，在商务部核准前，暂停杭州百事的生产经营活动。2007年7、8月份，陈秋芳约郭在东方广场吃饭，见面后陈秋芳给了郭几条香烟和10万元钱。

据调查得知，杭州百事成立于1998年，远晚于上海百事，且并无瓶装厂。2005年11月28日，商务部办公厅下发《关于切实执行外国牌号碳酸饮料管理工作的通知》，明确不再逐步审批设立外国牌号碳酸饮料灌装厂的项目。就在该通知下发的当天，浙江外经贸厅“紧急”批准了杭州百事项目。

不过，2006年4月，杭州百事工厂项目因为商务部发文认定其“审批不符合国家关于外国牌号碳酸饮料的管理规定，暂停杭州百事可乐生产经营活动”而停工，直到2007年年初才重新启动并宣布正式运作浙江市场。

当时，上海百事已占有浙江市场销售总量的40%-50%，杭州百事建厂必定会影响上海百事在浙江市场的利益。上海百事与杭州百事的矛盾充分爆发。2007年下半年，这场纠纷最终因百事中国向上海百事出让杭州百事部分股份告终。

“实际上，百事各分公司纠纷已久，归根到底是因为百事中国在许多百事分公司内部并无主导权。”接近百事中国的人士向记者透露，“如上海百事一直以来都是陈秋芳说了算，2000年起，百事曾提出罢免陈秋芳上海百事总经理一职，为此还引发了一次仲裁多次诉讼，但均失败。”在百事，陈秋芳绝对算一个人物。不仅仅因为她曾控制着上海百事，还因为她还是“两亿百事股权之争”的主角。这场股权之争也能窥见百事中国内部股权和管理混乱。

上海百事成立于1989年，当时百事与上海益康双方各占50%的股份。上世纪90年代益康退出。2005年5月，百事拥有50%的股权，上海闵联持有46%，上海糖烟酒（集团）有限公司持有4%。2001年，上海百事总经理陈秋芳及其胞姐陈芝芳、姐夫于兴国将闵联送上法庭，要求获得中方持有的上海百事、南京百事、武汉百事股权，价值2.23亿元人民币。 陈秋芳家族认为，他们在上海百事的原中方股东上海益康中有原始投资；闵联则认为，陈秋芳家族实际上并没有投资，涉嫌侵占企业财产。2002年，上海市高级人民法院一审判决陈秋芳家族败诉。2003年，陈秋芳家族上诉后被最高人民法院裁定发回重审。2005年5月17日，上海市高级人民法院重审判决闵联败诉。

“百事中国股权混乱在饮料行业已经不是秘密。近几年，百事总部的控制权更是逐渐弱化，渐渐失去对各分公司的掌控。”资深饮料分析师陈玮向记者表示，“各地频发的百事走私、涉黑等也凸显了百事中国内部管理实效。”

2010年3月，百事可乐被指控走私普通货物罪在广州市中院开庭。与此案一同被提起诉讼的还有该公司的两名主管。据查明，百事可乐及其工作人员明知进口报税的商品编码有误，却因为想继续享受意外得来的低税率而“将错就错”。

据统计，从2005年4月至2007年9月，百事可乐共计进口可乐果提取物B10000余吨，偷逃应缴税款为111万元。公诉人认为，百事可乐以及黄旭怡、林东逃避海关监管，走私普通货物入境，偷逃应缴税款，构成走私普通货物罪。

“逃税”风波尚未平息下，2011年8月在重庆打黑步入“深水区”时，牵出了百事中国西区副总裁、重庆百事天府饮料有限公司总经理丛明。据警方披露，此前在希尔顿涉黑案中被捕的华宇广告总经理曾智强审讯中透露了和丛明的灰色交易。

据悉，2004年起丛明与曾智强每年签订上千万元电视广告合同，每年好几千万的市场推广费用35%-50%是电视广告，所有电视广告均由华宇广告公司代理，丛明则从中获取回扣，且回报丰厚。

此外还有媒体报道，重庆百事员工透露，在重庆百事搬迁过程中，丛明也在新厂区土地和建设上收获颇丰。在调查“丛明涉黑案”的同时，重庆百事销售人员收到货款之后挪为他用的黑幕也被曝光。 百事中国内部混乱与其在华的构架有关。野村证券分析，2009年及2010年通胀环境温和时，大部分饮料公司都能赚钱，唯独百事可乐持续亏损，显示除了原材料成本外，公司或存在其他结构性问题，如市场营销开支过高及管理不当。